云南是森林資源大省，但生態十分脆弱，而木材運輸管理就是森林資源管理的主要環節和重要手段。草案規定，縣級以上林業主管部門負責本行政區域內木材運輸的監督管理工作；商務、海關、交通、檢驗檢疫等部門依照職責也要做好木材運輸的管理工作。
運輸木材，應當持有林業主管部門核發的木材運輸證，該證由省政府林業主管部門按照國家林業主管部門統一樣式印制，由起運地縣級以上政府林業主管部門或其委托的鄉鎮林業站核發。木材運輸證在核發的有效期限內只能使用一次，隨貨同行，所運木材應與證上記載的樹種、材種、規格、數量一致。
木材檢查站負責對過往運載工具運輸的木材進行檢查。而各地若要設立木材檢查站則應經省政府批準，可以采取固定檢查和流動稽查相結合的方式進行檢查。核發木材運輸證，應當自收到申請人提交的申請材料之日起2個工作日內決定核發或者不予核發；決定不予核發的，應書面告知理由。任何單位和個人不得承運應當憑證運輸但無木材運輸證的木材。
若是違反規定，有下列情形之一的，由縣級以上政府林業主管部門予以處罰：無木材運輸證運輸木材的，沒收非法運輸的木材，對貨主可以并處非法運輸木材價值30%以下的罰款；運輸木材的樹種、材種、規格與木材運輸證記載不符或者超過規定數量的，沒收其不符或者超過部分的木材；使用偽造、涂改的木材運輸證運輸木材的，沒收非法運輸的木材，并處沒收木材價值10％至30％的罰款。沒收的木材，可以依法變賣或者拍賣，所得款項全額上繳國庫。
